De acuerdo con el Acta de Intención firmada por los presidentes de Colombia y Panamá en 2008, el proyecto se desarrollará bajo el modelo de activo de conexión a riesgo, sin recibir una remuneración directa de la demanda. La financiación del proyecto se basará en un esquema de Project Finance, lo que significa que se financiará principalmente a través del flujo de ingresos generados por el proyecto mismo. Los recursos para su desarrollo provendrán principalmente de fuentes de financiamiento externas, complementados por aportes de capital de los accionistas, buscando que estos últimos sean lo más reducidos posible. La responsabilidad del reembolso de la deuda recaerá sobre el proyecto, a través de sus propios ingresos.

Dado su carácter merchant, es crucial que los inversionistas lleven a cabo una rigurosa evaluación financiera para determinar la viabilidad del proyecto, basada en la rentabilidad esperada frente al riesgo asumido. Los insumos fundamentales para tal evaluación incluyen los ingresos, el costo de capital (CAPEX) y los costos operativos (OPEX). Una proyección favorable de viabilidad surge cuando el valor presente neto (VPN) resultante de la diferencia entre ingresos y costos es significativamente positivo. Si el caso de negocio se considera viable, se procederá a buscar una estructuración financiera adecuada, siendo crucial para su éxito la estabilidad de los ingresos a lo largo del tiempo.

Ante la naturaleza volátil de los ingresos (establecidos en 2011 por los reguladores) por rentas de congestión o poco probables, antes de la construcción, de los DFACI, en 2019, los presidentes de ambos países firmaron el Acuerdo Bilateral de Complementación para Viabilizar y Ejecutar la Interconexión Eléctrica Colombia-Panamá. Este acuerdo instruye a los Ministerios de Energía a dirigir a los reguladores hacia una actualización de la regulación existente, incluyendo la adopción de mecanismos económicos que aseguren la viabilidad financiera del proyecto. Este mecanismo económico busca un modelo de financiación sostenible, vital para el éxito del proyecto, fomentando la integración energética regional y demostrando el compromiso binacional con el desarrollo sostenible y la cooperación bilateral. Se enfatiza que cualquier estímulo económico hacia el proyecto jamás excederá el beneficio económico recibido por los usuarios por parte de la interconexión, asegurando así un mecanismo justo y sostenible, que además asegure la financiación del proyecto.