De acuerdo con el Acta de Intención firmada por los presidentes de Colombia y Panamá en 2008, el proyecto se desarrollará bajo el modelo de activo de conexión a riesgo, sin recibir una remuneración directa de la demanda. La financiación del proyecto se basará en un esquema de Project Finance, lo que significa que se financiará principalmente a través del flujo de ingresos generados por el proyecto mismo. Los recursos para su desarrollo provendrán principalmente de fuentes de financiamiento externas, complementados por aportes de capital de los accionistas, buscando que estos últimos sean lo más reducidos posible. La responsabilidad del reembolso de la deuda recaerá sobre el proyecto, a través de sus propios ingresos.

Para garantizar el libre acceso de los agentes del mercado de cada país a la capacidad de transmisión del enlace, y para su óptima utilización, se acordó el desarrollo de un esquema de intercambios de corto plazo a través de un despacho coordinado (a cargo de los operadores de los sistemas de Colombia y Panamá) y un proceso de asignación de los Derechos Financieros de Acceso a la Capacidad de la Interconexión –DFACI- para las transacciones de largo plazo.

Los reguladores emitieron en 2011 la normatividad básica del esquema armonizado binacional Colombia-Panamá, consistente con la regulación regional (MER), buscando optimizar el uso de la línea. Además, la ASEP modificó en 2012 las Reglas de Compra en Panamá para permitir que en los Actos de Concurrencia para la contratación de la Potencia y/o Energía para el abastecimiento de los Clientes de las Empresas de Distribución Eléctrica, participen Agentes Regionales o Agentes del MER (en virtud del Tratado Marco y sus protocolos) y Agentes de Interconexión Internacional.

En 2019, los presidentes de Colombia y Panamá firmaron el Acuerdo Bilateral de Complementación para Viabilizar y Ejecutar la Interconexión Eléctrica Colombia-Panamá, bajo el Proyecto de Integración y Desarrollo de Mesoamérica y como parte de la Agenda Mesoamericana de Energía. Este acuerdo clave refuerza la cooperación entre ambos países para desarrollar la interconexión eléctrica, instruyendo a los Ministerios de Energía a orientar a los reguladores hacia la revisión y adecuación de la regulación vigente, incluyendo la implementación de un mecanismo económico para la viabilidad financiera del proyecto. Dicho mecanismo busca establecer un modelo de financiación sostenible, esencial para el progreso y éxito del proyecto, promoviendo así la integración energética regional y subrayando el compromiso de ambos países con el desarrollo sostenible y la cooperación bilateral.

Conforme a las directrices acordadas por los presidentes de Colombia y Panamá en el Acuerdo Bilateral de Complementación para la Viabilización y Ejecución de la Interconexión Eléctrica, la Secretaría Nacional de Energía de Panamá y el Ministerio de Minas y Energía de Colombia firmaron un convenio en julio de 2021. Este convenio establece los criterios, fundamentos, principios, alcance y directrices esenciales para el Esquema de Armonización requerido en el desarrollo y operación de la interconexión eléctrica entre los dos países. Según este acuerdo, se instruye a la Autoridad Nacional de los Servicios Públicos de Panamá (ASEP) y la Comisión de Regulación de Energía y Gas de Colombia (CREG) a determinar y aplicar los ajustes necesarios en las regulaciones nacionales. El objetivo es integrar mecanismos económicos que aseguren los ingresos necesarios para la factibilidad financiera del proyecto de interconexión, beneficiando de manera integral y equitativa a ambos países.